【名偵探柯南】這部動漫主打的就是以偵探推理案件的劇情來展開的。主要劇情講的就是工藤新一被神秘組織的黑衣人下了藥。
而被下了藥的工藤新一看到自己的身體被縮小後，找到阿笠博士，在背後默默地想笑出黑衣組織的行蹤，從而找到其中的解藥，幫助自己縮小的身體恢復成原來成人的大大小。在找黑衣組織的時間段，柯南就一直暫住在毛利小五郎家裏，又認識了學校裏的「少年偵探團」夥伴。
而且在每次破案的時候，都會先用麻醉劑射在毛利小五郎脖子上，從而借毛利小五郎的身體進行辦案，利用毛利小五郎的聲音每次都能成功的將案件推理出來，所以「沈睡的毛利小五郎」稱號由此誕生！
在經歷多次破獲案件的柯南們，偶然又遇到了灰原哀，而灰原哀又在機緣巧合下將自己的身體變得和小學生一樣，從此可能和灰原哀一起踏上了尋找黑衣組織的道路！
