首先這個問題就不成立——長崎顯然有百年老店，而且不光長崎有，實際上廣島也有。
其次， 長崎被核爆時爆心並不在市中心 （雖然在浦上地區位於 長崎市的中心 區域，但長崎市的中心區域並不是市中心，市中心在南邊）。而廣島則倒黴的多，爆炸中心離著市中心並不遠，同時廣島市基本上一馬平川，這也就大大提高了轟炸效果。
所以長崎被爆破時市中心受到的影響要遠比廣島要小。
而且那時候投彈都有誤差，譬如廣島核爆時雖然當時的空中情況使得轟炸精度較高，但核爆瞄準的是目標是相生橋。實際上爆心則在相生橋二百米開外的島醫院（就叫島病院，而不是廣島醫院）。
長崎原爆則更加混亂一些，具體情況 @LtHarrySmith 的回答已經有了詳細的介紹，總之基本上屬於「對著要投彈的位置胡亂把原子彈丟下去了」的情況。所以長崎核爆的主要受害地區是 城市的（地理）中心偏北邊 ， 離著市中心大概三公裏遠 ， 爆心 位於 松山町171號別墅網球場上空的503公尺 左右。
不過丟在這裏也不算是完全沒有戰果——比如爆心附近恰好有三菱海軍工廠的酸素魚雷生產中心，雖然不是完全命中但是附帶傷害也炸了個七七八八。
廣島和長崎核爆的另一大區別是長崎核爆並沒有造成過於嚴重的市政領導機構癱瘓——長崎核爆前一天的 晚上 ，長崎縣知事 永野若松 聽說了廣島被新式炸彈摧毀的訊息後，第一時間就通知 長崎縣市政領導班子、和警察部門的大小領導到機關宿舍報道 ，第二天開會討論對策。核爆當日長崎縣和長崎市大小領導們集體在 遠離核爆中心區 的長崎市立山的 縣防空本部防空地下掩體 開會，由此逃過一劫。
廣島的情況則要糟糕的多，核爆時位於爆心附近的 廣島城 是當時第二總軍的司令部，而廣島城則是奇跡般逃過了一國一城令和幕末拆城令的木質古建築。於是核爆當日，除了 司令部防空掩體內 負責廣播的廣播人員和辦公人員外（當時正是夜班和白班交班的時間）， 第二軍管區司令藤井洋治中將 ， 司令部機關工作人員及家屬1000余人 ，兩名在廣島城 接受審訊的美國飛行員 ，在廣島城內 進行竹槍訓練的比治山女高中七十余名師生 ，以及在附近駐紮的幾千名士兵連同廣島城一起全部化為了塵埃。廣島市政廳設也受到了波及，比如當時住在市長廳舍廣島市長粟屋仙吉一家全員遇難，幸免於難的次女則在1945年11月因為在長崎 二次被炸 而死於放射線並行癥。
核爆發生時，北韓王室直系後代，時任第二總軍教育參謀 李鍝公爵 正騎馬前往司令部上班途中，結果在距離核爆中心的福屋百貨店遭遇核爆。李鍝 在被炸後繼續騎馬向西方前進，直到精疲力竭，在本川橋西頭拿著拔出的軍刀蹲了下來。 以這種姿態直到當天傍晚被搜尋隊發現，之後被立即送往醫院治療。但還是在8月7日淩晨5點5分死亡。
另一位死於上班途中的大領導則是時任 中國地方總監 （這個中國地方指的是舊毛利八國，也就是廣島地區，這是個戰爭末期新設立的職位）的 大冢惟精 ，核爆當日他正在川町的官舍（這房子還是他租用的東洋工業社長松田重次郎的豪宅）等著專車接他上班，結果遭到了核爆。被壓在房梁下面動彈不得的他勸說妻子趕快逃離避難，而自己則被房屋著火引發的火災燒死——大冢是當時八位地方總監中唯一死於戰爭的。松田重次郎本人則因為核爆時並不在當地而幸免於難。
廣島縣知事 高野源進 算是個幸運兒——核爆當日他正在外地出差，但是回來之後，由於中國地方總監和廣島市市長都已經在核爆中遇難。所以所有的大小工作就全都壓在了他這個唯一幸存的領導身上，一度被繁忙的事務壓的脫不開身。
不過爆心浦上地區還是在核爆中遭了大殃，有三個比較標誌性的核爆損毀區域——分別是距離爆心最近的 浦上天主堂 、稍遠一點的 長崎市立醫科大學 、以及 三菱重工長崎軍工廠
因為離著爆心最近， 浦上天主堂 幾乎被完全摧毀，當時神父西田三郎、玉屋房吉等數十名信徒正在教堂舉行慶祝聖母升天節的儀式，核爆發生時，所有人都被壓在倒塌的瓦礫下， 全員當場死亡，沒有任何生還者。
較為諷刺的是，始建於1638年，源自於 鎮壓島原之亂的松平信綱 在長崎所建造的 山王神社 ，也同樣在核爆中被摧毀。整個神社僅留下兩個相對完好的鳥居和一顆在核爆中奇跡生還的大樹，後者也成為核爆後長崎復蘇的象征。
另一個損失慘重的地區是距離爆心600-800公尺左右距離的 長崎醫科大學 ，核爆發生時，長崎醫大的基礎教室、臨床教室（附屬醫院）、附屬醫專、附屬藥專、東亞風土病研究所、護士宿舍等全部校舍、設施瞬間倒塌起火。此時正在上課、巡診的教授、學生、護士、職員等共計896人遇難，另有大約200名左右的病人也因此遇難（此前長崎曾經在八月一日遭到轟炸，所以疏散了一些輕癥病人）。
在這些被破壞的校舍當中，基礎教室的情況最為淒慘——核爆發生時大約有400名師生正在聽課，木質結構的校舍登時被摧毀；大部份師生不是直接死亡（後來在清理學校廢墟時發現了一些遇難者以白骨化的形態保持著在課堂上課的姿態），就是因為被困在倒塌的木質結構建築下被活活燒死。核爆當日在基礎教室上課的師生 除一人逃生死於急性放射線病外全部當場死亡 。
為數不多的幸運兒主要集中在當時正在距離爆心700公尺左右的臨床教室，由於臨床教師采用了較為堅固的建築材料，所以核爆發生時， 當時進行考試的大三大四學生 中有少數幸運兒得以在核爆中幸存。
時任長崎醫大的校長角尾晉在8月7日從東京出差歸來，8月8日列車途經廣島時目睹了廣島的慘狀，回到長崎後在大學的早會上做了關於新式炸彈損害情況的報告。8月9日11點2分核爆時，角尾晉正在內科病房巡診，被沖擊波擊碎的玻璃碎片擊中，受了致命傷，8月22日傷重不治去世。成為比較少見的目睹了廣島核爆之後又親自經歷了長崎核爆的遇難者。根據戰後的調查，經歷了「二次被爆」的親歷者大約有165位，其中有大約18位元在20年後依然健在。
作為本次空襲中目標價值最高的軍工設施， 三菱重工長崎兵器制作所 的 大橋工廠 和 茂裏町工廠 全部位於核爆區域內，其中 大橋工廠整個被夷為平地 ，茂裏町工廠大約有一半的建築被徹底摧毀。軍工廠附近的設施也未能幸免——比如當時已經疏散，主要供工廠員工以及學徒兵居住的長崎師範學校、成山國民學校、長崎市立商業學校、山裏國民學校全部摧毀。
工廠區大約10000名員工當中，包括 登原剛藏 所長在內的2237人遇難，5679人受傷。死者中包括公司員工335人，工人1358人，學徒580名——由於彼時日本已經進入戰爭體制，遇難者中的「學徒」一般指的是被動員進入工廠的學生。
兩個工廠是戰時 酸素魚雷 的主要產地，同時也負責一些火箭燃料的生產。大橋工廠在核爆前曾經引入了一個規模頗大的天然氣儲罐區，用以軍用推進燃料的研制。核爆發生時，天然氣儲藏區被完全摧毀，一共有48位元工人及家屬遇難。
所以綜上所述，假如你是一家位於長崎的百年老店，你只要在1945年8月9日上午十一時二分的時候 沒有把店開在浦上區域，安安穩穩的住在南邊；沒有因為出差要前往長崎站，或者沒有身體上的不適要前往長崎醫科大學附屬醫院就醫 的話，以及——在整個戰爭期間 從未收到征兵傳票以及不怕被婦女報國會的怨婦們嚼舌根 的話，那麽你的店就大機率能在當時挺下來。
更何況 存地失人，人地皆失；存人失地，人地皆得 ；店鋪毀了，人還在，那就有重建的可能。但人死了，哪怕店鋪還在，那也是失去了傳承的意義。
從這個角度來講，即使在市中心真正被摧毀的廣島，也不可能不存在著幾代人傳承的店鋪。
而進一步的，如果你在二十世紀五十年代沒有乘坐 洞爺丸號 去北海道遊歷，二十世紀七十年代沒有乘坐 日航123號 航班，在泡沫經濟時代 不亂亂花錢、貸款買股票 ，在1995年不前往 大阪、淡路、神戶 一代， 不在東京坐地鐵、 2011年三月沒有 去會津一帶的海濱度假 的話——那麽你的百年老店多半可以開到現在，你也可以在經歷了以上種種之後，安安靜靜的看著一波又一波的年輕人在這裏說說笑笑。享受這極為難得的，戰後79年的和平時光。
歸根結底，這種所謂的「黑色幽默」除了止增笑耳外沒有任何助益——當然也不只是黑色幽默，頗多S3愛好者也都有種「反正核彈也輪不到炸我」或者「只要我夠努力，核彈就炸不到我」的心態。
然而實際上，真等到核彈落下來——一切身份、地位、境遇、道德早就隨著光放射線和沖擊波煙消雲散了——無論是你擁有李鍝那樣顯赫的家庭出身(北韓李氏去日本以後無論是待遇還是生活水平都不可謂不優厚)，還是擁有粟屋仙吉、大冢惟精、藤井洋治那樣的做題家精神（從舊帝大、陸大畢業的官僚可大部份都是做題家），也不管你曾經遭遇了多大的委屈（比如死在浦上天主堂那些自島原之亂一來一代代歷經幕府迫害的切支丹後人），抑或是平時積德行善（比如長崎醫科大平素治病救人而不是活吃戰俘的醫生），抑或是站在正義的一方（譬如在兩次原爆中遇難的戰俘們）。戰爭如同磨盤一般把這些形形色色的人吞噬、碾碎、消化，成為後世人或津津樂道、或劍拔弩張的討論中的談資和養料。
與其希冀著世界大戰能令你名垂千古，流光溢彩，實作階級躍升；倒不如去愛這個暫且和平且默默無聞的，流光溢彩的世界。
