拋開原著，我們單從電影劇情來看，其實這裏有一個很重要的【因果】。
保羅決定改變那一刻，是從他不得不回南方的時候。
他在夢中無數次夢到如果自己回到南方，將是生靈塗炭，一場浩劫席卷宇宙。
所以他一直在北方征戰，躲避母親，躲避南方狂熱信徒對他的崇拜。
可是，北方的地下城被毀，為了保護這裏的百姓，不得不回去。
他這個時候感到了一直無法抗拒的命運。他想一直逃脫，卻逃不了的，想一直對抗卻對抗不了的。
當他決定回南方的時候，其實已經決定了回去承受一切。
他很自覺地喝下了生命之水，看到了過去和未來。
他從未來中更加看清了命運的不可違背性。
當母親對他說，契尼在抗拒，在懷疑，在憤怒。保羅說，她總會理解的。
因為只有保羅看到了未來，看到了未來之中對香料星球最好的一條路。
他必須約皇帝來這裏，然後活捉他。
就如題主所問，為何保羅不殺皇帝，還要娶公主？
在電影中呈現的故事裏，我們看到保羅首先對契尼說了一句：我要你知道，只要我還活著就不會停止愛你。
後面他說自己要娶公主，其實仔細思考，就是他在政治聯姻。
政治聯姻無關乎愛情，他把所有的愛都給了契尼。
他是能看到未來的人，命運中最有解或許就是娶公主，和皇族聯姻，然後讓香料星球的人能夠不被追殺。
如果保羅殺了皇帝和公主，那麽其它六大家族的人以及各種姐妹會和宇航公會的人都會參與這場更加血腥的世界大戰。
所以按照電影中的故事邏輯，保羅做出這樣的選擇，是在他看透命運之後，做出的最優選擇。
